Vivió la mayor parte de su vida en York. En 1732 se casó con Mary Prestland. Su primer hijo, John, nacido en 1733, sobrevivió poco tiempo. Un segundo hijo fue bautizado en 1736, pero Mary murió poco después, en 1737. Hebden quedó con la responsabilidad de criar a su hijo pequeño y trabajar muchas horas para ganar lo suficiente para vivir. Cuando Hebden se estaba muriendo, hizo arreglos para que se dejara dinero en fideicomiso para su hijo, que se liberaría solo en pequeñas cantidades.

Alrededor de 1742, Hebden se mudó a Londres, y cuando el compositor Thomas Arne amplió la orquesta en Vauxhall Gardens en 1745, se convirtió en el violonchelista y fagotista principal. También se sabe que actuó en una representación de El Mesías dirigida por el propio George Frideric Haendel , para recaudar fondos para el Foundling Hospital. Hebden era principalmente un músico de orquesta y, como tal, su estatus social y sus ingresos habrían sido bajos. Si hubiera querido, podría haber complementado considerablemente sus ingresos componiendo canciones populares, como hicieron varios de sus compañeros músicos. Hebden era un fagotista profesional, intérprete de viola da  gamba y violonchelista y, en la década de 1730, compuso música para una pequeña orquesta profesional local que contenía 'todas las mejores manos de la ciudad'. Dieron muchos conciertos en las Salas de Asambleas de York, que fueron diseñadas por Richard Boyle, tercer conde de Burlington, quien fue patrocinador de Haendel.

Edición discográfica con una obra de John Hebden

Parece que Hebden tenía mayores aspiraciones para su talento y canalizó su creatividad de manera muy disciplinada en obras más serias. Solo se publicaron dos: Seis solos para flauta alemana y Seis conciertos para cuerdas. Estos últimos probablemente se iniciaron alrededor de 1745 y se publicaron alrededor de 1749 en una edición de aproximadamente 500. Los suscriptores incluían al conde y la condesa de Burlington, así como a otra aristocracia; varios académicos y organistas; tabernas como The Devil and The Globe en Fleet Street donde se celebraban conciertos; el actor David Garrick (quien produjo muchas de las obras de Shakespeare en Drury Lane ) y algunos de los otros músicos de Vauxhall, incluido Valentine Snow , para quien Handel escribió sus famosos solos de trompeta; varios compositores, incluidos Arne y William Boyce (quienes trabajaron para Garrick en Drury Lane, componiendo música para muchas de sus producciones), Giovanni Battista Sammartini y Géminis . De esta edición sólo se han conservado seis ejemplares: dos en Londres, uno en Bruselas y tres en Estados Unidos. Un conjunto incompleto también sobrevive en una colección privada en Durham.

Estos seis conciertos fueron descubiertos recientemente. En 1980, Ruzena Wood, entonces asesora de repertorio del grupo Cantilena, se había interesado por Hebden tras estudiar su Primera Sonata para flauta y teclado. Ella comenzó a buscar para encontrar si él había escrito alguna música para cuerdas. Finalmente, descubrió en la biblioteca del Museo Británico , los seis conciertos olvidados que habían permanecido sin tocar durante 200 años.

Los Conciertos de Hebden son de estilo barroco, y en ellos se adhiere a la convención del siglo XVIII de escribir música alegre en tonos agudos y música triste en tonos bemoles. Están más influenciados por el compositor y violinista italiano Geminiani, seguidor de Arcangelo Corelli ., que llegó a Inglaterra en 1714 y de quien Thomas Arne pudo haber recibido lecciones de violín. Los conciertos están en siete partes, escritas para cuatro violines, viola, violonchelo y clavicémbalo. Dos (No. 2 en Do mayor y No. 3 en Do menor) tienen tres movimientos (allegro-largo-allegro) y los otros están en cuatro movimientos (un adagio de apertura seguido de movimientos rápidos y lentos alternados). Los movimientos rápidos se caracterizan por ritmos de baile animados: si bien estos son de textura italiana, se hacen eco claramente de los bailes campestres ingleses con los que Hebden estaría familiarizado desde sus días en Yorkshire. Sus únicas obras sobrevivientes son los 6 conciertos para cuerdas (Op. 2).